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統計数理研究所 - 統計科学情報センター東京都港区。数学、統計学、数値計算等の専門書、雑誌。一般の外部利用者は、閲覧可、貸出不可。
国立科学博物館 - 図書室東京都新宿区。自然史および理工学関係の図書、雑誌。閲覧可、貸出不可。
科学技術振興機構 - 閲覧サービス東京都練馬区、茨城県つくば市。科学技術の論文等をデータベース化のために網羅的に収集した国内と世界の学術雑誌、米国の政府等の技術レポート、学術会議の資料。閲覧可。
牧野植物園 - 牧野文庫高知県高知市。牧野富太郎の蔵書。植物に関する文献、自筆の植物図、原稿、遺品。字典辞書、文学書、地誌紀行、法制、医学、薬学、民俗学などの文献。研究調査目的のみ。要事前申請。
国立天文台 - 三鷹図書室東京都三鷹市。図書、雑誌。天文・暦等の貴重書。今井いたる文庫（科学史・技術史）。要事前連絡、公共図書館発行の紹介状。閲覧可、貸出不可。文献複写郵送サービスあり。
気象庁 - 気象庁図書館東京都千代田区。気象、海洋、地震に関する図書、資料。調査研究目的の18歳以上に限る。閲覧可、貸出不可。
琵琶湖博物館 - 図書室滋賀県草津市。滋賀県、琵琶湖に関する一般向けの図書、雑誌、資料、児童書、図鑑、辞典。研究向けの専門書、雑誌、文献資料。全国の博物館との交換資料。閲覧可。専門資料の書庫への入室は、要予約。
滋賀県琵琶湖研究所 - 情報管理部門滋賀県大津市。琵琶湖、琵琶湖集水域に関する学術論文等。湖沼研究、環境研究に関する図書、学術雑誌。国、滋賀県、近隣府県の環境関連の行政資料、統計資料。閲覧可。
地球環境パートナーシッププラザ - 資料室東京都渋谷区。森林、水、温暖化等の環境パートナーシップ、NPO、ボランティアに関する書籍や報告書。閲覧可、ビデオのみ貸出可。
北海道立地質研究所 - 図書室札幌市北区。地学関連の図書・資料、5万分の1地質図幅および同説明書（全刊行図幅）、開拓史の刊行物。閲覧、貸出可。
高エネルギー加速器研究機構 - 図書室・研究報告茨城県つくば市。高エネルギー物理学等に関する専門図書、雑誌。閲覧、貸出可。
静岡県地震防災センター - 防災図書室静岡市葵区。地震、火山噴火、火災、風水害、雪害、原子力災害等の災害に関する図書、資料。閲覧可、一般への貸出は不可。
国立極地研究所 - 情報図書室東京都板橋区。南極観測、極地工学、高山に関する各国の図書、雑誌。極地探検に関する古文献。研究所の出版案内。閲覧可、貸出不可。

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